Nazwa pochodzi od osadników saskich, sprowadzających się tutaj za czasów dynastii saskiej w XVIII w.. Wcześniej nazywano to miejsce kępą olenderską, bądź holenderską. Było to związane z osadnikami pochodzącymi z terenów Niderlandów, bądź Dolnych Niemiec, będącymi członkami kościoła mennonickiego. Uciekali oni do Polski przed prześladowaniami religijnymi i zasiedlali trudno dostępne tereny zalewowe, a takim był teren obecnej Saskiej Kępy. W Warszawie osiedlali się też na terenie Kępy Zawadowskiej, gdzie do tej pory istnieje stary Cmentarz Ewangelicki w Kępie Zawadowskiej. Kępa to tradycyjna nazwa wysp na Wiśle.